Kvalifikační skupiny ME 21 2006 mají svůj základ v kvalifikačních skupinách seniorských reprezentací na MS 2006. Při neúčastí reprezentačních výběrů U21 Faerských ostrovů, Andorry, Lichtenštejnska a Severního Irska a naopak zařazení Německa jsou v kvalifikaci jedna sedmičlenná a jedna pětičlenná skupina plus šest šestičlenných skupin.
Týmy na prvním a druhém místě se na základě losu utkají pohárovým systémem o postup na ME. Jeho pořadatelství bude přiděleno jedné z kvalifikovaných zemí.