3.kolo - 24.9.2008 – 16,30.

98  Votice              - SK Slavia Praha 1:2 (0:1)
Makovička, Pospíšil, Urban - del. Červený
 
99  Sezimovo Ústí       - FK Baník Sokolov 2:0 (1:0)
Ochotnický, Mencl, Kovařík T. - del. Stiegler

100 FC Písek            - FK Teplice 1:4 (1:1)
Jech, Lhoták, Urban - del. Červený
 
101 FK Slavoj Vyšehrad  - FK Hradec Králové 0:2 (0:1)
Kovařík L., Filípek, Koval - del. Bubeník 

102 Uničov              - FK Baumit Jablonec 0:2 (0:1) 
Adámek, Filgas, Kubáň - del. Trčka 
 
103 FC Vysočina Jihlava - FC Tescoma Zlín 1:1 (0:1) PK 2:4
Jílek, Peřina, Adámková - del. Gric

104 Mutěnice            - SK D.Č.Budějovice 4:0 (0:0)
Matějek,Wilczek,Slavík - del. Lenfeld 
 
105 Boskovice           - FC Baník Ostrava 0:7 (0:3)
Mikel , Gallo ,Vysloužil - del. Gric  
 
106 1.FC Slovácko       - 1.FC Brno 0:0 PK 4:3
Adámek, Chytil, Kubáň - del. Káňa  
 
107 FK Ústí n.Labem     - SK Kladno 1:2 (0:1)
Drábek, Hojsík, Jiřík - del. Helebrant 

108 FC Velim            - SK Hlavice 2:2 PK 2:4
Jedlička, Šifalda, Polák  - del. Šolc 
  
109 Fotbal Fulnek       - FC Viktoria Plzeň 0:2

Matějek, Wilczek,Slavík  - del. Pala

110 SFC Opava           - FC Slovan Liberec 2:2 (0:0) PK 3:5
Býma, Novák, Tacina  - del. Ruš 

111 MFK Karviná         - SK Sigma Olomouc 0:2 (0:1)
Kocián, Večeřa, Marek  - del. Rumplík  
 
112 Olympia H.Králové   - Bohemians Praha 1:5 (1:1)
Hájek, Peřina,Dobrovolný  - del. Pánek  
 
113 Frýdek-Místek       - AC Sparta Praha 0:0 PK 1:4
Paták, Kordula, Chytil  - del. Nevrlý, Káňa